Εκπονήθηκε στο πλαίσιο της νέας στρατηγικής προσέγγισης για την Πολιτική Συνοχής της Ευρωπαϊκής Ένωσης, σύμφωνα με την οποία το ΕΣΠΑ «..εξασφαλίζει ότι η συνδρομή από τα Ταμεία συμβαδίζει με τις κοινοτικές στρατηγικές κατευθυντήριες γραμμές για τη συνοχή και προσδιορίζει το σύνδεσμο μεταξύ των κοινοτικών προτεραιοτήτων αφενός και του εθνικού προγράμματος μεταρρυθμίσεων αφετέρου».
Για τη διαμόρφωση του ΕΣΠΑ 2007-2013 ως εγγράφου προγραμματισμού, αξιοποιήθηκαν εισροές από ένα σημαντικό αριθμό προτάσεων που υπεβλήθησαν στο Υπουργείο Οικονομίας & Οικονομικών, κατευθύνσεων - πολιτικών επιλογών σε εθνικό και ευρωπαϊκό επίπεδο και ποσοτικών δεδομένων και μελετών.
Οι αποφάσεις του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου του Δεκεμβρίου του 2005, με τις οποίες διασφαλίσθηκαν έως το 2013 οι πόροι της Ευρωπαϊκής Πολιτικής Συνοχής για τη χώρα, οι νέοι Κανονισμοί των Ταμείων της ΕΕ, καθώς και οι Στρατηγικές Κατευθυντήριες Γραμμές για την Πολιτική Συνοχής, αποτέλεσαν το πλαίσιο στο οποίο βασίστηκαν, μεταξύ των άλλων, οι εθνικές αρχές προκειμένου να προσεγγίσουν τις βασικές παραμέτρους του αναπτυξιακού προγραμματισμού και να καταρτίσουν το ΕΣΠΑ.
Επιπλέον, τα κυριότερα έγγραφα της ΕΕ που αναφέρονται στην αναθεωρημένη Στρατηγική της Λισσαβώνας και το Εθνικό Πρόγραμμα Μεταρρυθμίσεων για την Ανάπτυξη και την Απασχόληση 2005-2008, ελήφθησαν υπόψη κατά τη διαμόρφωση των βασικών στρατηγικών επιλογών - προτεραιοτήτων, καθώς συνιστούν κεντρικές μακροπρόθεσμες επιλογές για την Ευρωπαϊκή Ένωση, στις οποίες κλήθηκε να συμβάλει και η αναπτυξιακή πολιτική του νέου ΕΣΠΑ.
Βάσει των ανωτέρω, η στοχοθεσία του ΕΣΠΑ διατυπώθηκε σε 4 επίπεδα:
στο επίπεδο των στρατηγικών στόχων του ΕΣΠΑ,
στο επίπεδο των θεματικών (5) και χωρικών (3) προτεραιοτήτων, όπως απαιτείται από το Γενικό Κανονισμό των Ταμείων,
στο επίπεδο των Γενικών Στόχων (17), στους οποίους αναλύεται κάθε θεματική προτεραιότητα,
στο επίπεδο των ειδικών στόχων και των κύριων μέσων επίτευξης.
Παράλληλα, η αναπτυξιακή στρατηγική διαμορφώθηκε και με γνώμονα εθνικές πολιτικές που διατυπώνονται σε στρατηγικά έγγραφα όπως η Εθνική Έκθεση Στρατηγικής για την Κοινωνική Προστασία και την Κοινωνική Ένταξη 2006-2008, η Ψηφιακή Στρατηγική 2006-2013, το «Σχέδιο Ανάπτυξης Μεταφορών 2007-2013 και εικοσαετίας», Εθνική Λιμενική Πολιτική, το Εθνικό Σχέδιο Στρατηγικής Αγροτικής Ανάπτυξης της Ελλάδας 2007-2013 κλπ.
Το πλαίσιο χρηματοδότησης διαμορφώθηκε στη βάση των αποφάσεων του Ευρωπαϊκού Συμβουλίου της 16ης Δεκεμβρίου 2005 και των προδιαγραφών - περιορισμών των νέων Κανονισμών και προέκυψε με βάση τις αναπτυξιακές ανάγκες ανά τομέα και Περιφέρεια στην επόμενη περίοδο, συνεκτιμώντας τις ανάγκες ολοκλήρωσης των συνεχιζόμενων έργων της προηγούμενης περιόδου και τις απαιτήσεις για δράσεις που εξυπηρετούν τη Στρατηγική της Λισσαβώνας. Βασική επιλογή ήταν η βέλτιστη αξιοποίηση των πόρων της νέας προγραμματικής περιόδου προς όφελος της ισόρροπης περιφερειακής ανάπτυξης της χώρας.
Οι βασικές αρχές που διέπουν το πλαίσιο διαχείρισης, παρακολούθησης & ελέγχου των ΕΠ της περιόδου 2007-2013 αποτέλεσαν αντικείμενο ευρείας διαβούλευσης και αποτυπώθηκαν σε κείμενα θέσεων των συμμετεχόντων φορέων. Συμπληρώθηκαν από τα πορίσματα συστηματικής ανάλυσης των απαιτήσεων των νέων Κανονισμών της ΕΕ (Γραμματεία σχεδιασμού του ΕΣΠΑ, ΜΟΔ ΑΕ, ΔΑ ΚΠΣ/ΕΥΣ) και σχετικής μελέτης που εκπονήθηκε για το ΥΠΟΙΟ με θέμα τη «Βελτίωση των συστημάτων διαχείρισης και ελέγχου των ΕΠ του ΚΠΣ 2000 – 2006, των Κοινοτικών Πρωτοβουλιών και του Ταμείου Συνοχής και στην προσαρμογή αυτών για την περίοδο 2007 – 2013».