Οι φορείς που αναλαμβάνουν τις αρμοδιότητες διαχείρισης, πιστοποίησης και ελέγχου σύμφωνα με τις απαιτήσεις του Καν. (ΕΚ) 1083/2006 και του Καν. (ΕΚ) 1828/2006 προσδιορίζονται στο Ν. 3614/2007 «Διαχείριση, έλεγχος και εφαρμογή αναπτυξιακών παρεμβάσεων για την προγραμματική περίοδο 2007-2013».
Στον ίδιο νόμο προσδιορίζονται οι κανονιστικές αποφάσεις με τις οποίες εξειδικεύονται οι αρμοδιότητες και η οργανωτική δομή των εμπλεκόμενων αρχών, καθορίζονται οι ειδικότερες ρυθμίσεις του συστήματος διαχείρισης και ελέγχου καθώς και μια σειρά μέτρων που στόχο έχουν τη διασφάλιση της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης κατά την υλοποίηση των επιχειρησιακών προγραμμάτων.